En un Japón asediado por Kaiju, Kafka Hibino trabaja limpiando los restos de estas criaturas. Tras reencontrarse con Mina Ashiro, ahora una destacada soldado de las Fuerzas de Defensa, decide perseguir su sueño de unirse a ellas. Sin embargo, de manera sorprendente, se transforma en el poderoso Kaiju Nº 8. Con la ayuda de Reno Ichikawa, esconde su identidad mientras lucha por su objetivo. Pero cuando un Kaiju inteligente ataca una base militar, Kafka se ve obligado a tomar una decisión que cambiará su destino y el del mundo.