Después de la conclusión del torneo de la ciudad batallas, profundamente debajo de las arenas de Egipto, un mal antiguo ha despertado. Anubis, que fue derrotado hace siglos por el misterioso alter ego de Yugi – el antiguo faraón – ha regresado para vengarse. Manejando el poder del Octavo Artículo del Milenio, Anubis está decidido a destruir Yugi y tomar el mundo.